【轉貼】生物資訊學入門知識
生物資訊學是用數理和資訊科學的觀點、理論和方法去研究生命現象、組織和解析呈現指數增長的生物學資料的一門學科。首先是研究遺傳物質的載體DNA及其編碼的大分子蛋白質，以電腦為其主要工具，發展各種軟體，對逐日增長的浩如煙海的DNA和蛋白質的串列和架構進行收集、整理、儲存、發布、擷取、加工、解析和研究，目的在於通過這樣的解析逐步認識生命的起源、進化、遺傳和發育的本質，破譯隱藏在DNA串列中的遺傳語言，揭示人體生理和病理過程的分子基礎，為人類疾病的預測、診斷、預防和治療提供最合理和有效的途徑。生物資訊學已經成為生物醫學、農學、遺傳學、細胞生物學等學科發展的強大推動力量，也是藥物設計、環境監測的重要組成部分。近年來，蛋白質架構資料的快速增長，使蛋白質三維架構的處理解析也歸入到生物資訊學的范疇。國際上有三大一級生物資訊資料程式庫，即美國國家資訊中心 (National Center of Biotechnology Information, NCBI)的Gen Bank(http:/ / www. nchi. nlm. nih. gov/ web/Gen Bank/ imdex. html)、歐洲分子生物學室驗室(European Molecular Biology L aboratory-Euro-pean Bioinformatics Institute, EMBL-EBI)的 EM-BL (http:// www.ebi. ac.uk/ databases/ index.html)和日本 DNA資料程式庫 (DNA Data Bank of Japan, DDBJ) (http:/ / www.ddbj.nig.ac.jp/ )。隨着生物資訊學 (Bioinformatics)的發展，通過檢索資料程式庫進行核酸串列同源性檢索，電子基因定位、電子延伸、電子複製和電子表達以及蛋白質功能解析、基因鑒定等方面產生了重要作用，已成為人們認識生物個體生長發育、繁殖分化、遺傳變異、疾病發生、衰老死亡等生命過程的有力工具。
一、生物資訊學相關網站
生物資訊學與生物計算：http://bioinformatics.weizmann.ac.il/
這是生物資訊學和生物計算學的網站，由Weizmann科學研究所，生物服務部和克隆人類基因組學中心支援。研究網域主要涵蓋串列解析，蛋白質組學和基因組學等。該網站提供了資料程式庫，電子論壇，教育，新聞，軟體，招聘啟事等。該網站還提供了相關鏈結，包括歐洲分子生物學以色列國家網點，以色列國家基因組基礎設施實驗室以及國際生物資訊學合作中心。
生物資訊學專題：http://www.biosino.org/bioinformatics/bioinfo.htm
中國科學院上海生命科學研究院生物資訊中心的網站中的生物資訊學專題提供與生物資訊學有關的新聞資訊，生物資訊學文獻的介紹（包括的課題例如：認證腫瘤的亞型，細菌中的基因移轉，生物鐘與微陣列ㄧ哺乳動物的基因組有節奏，混亂的DNA區分人類與黑猩猩等等 ），相關軟體下載，與資料程式庫的鏈結。
生物資訊學專業網：http://bioinf.bmi.ac.cn/
生物資訊學專業網旨在收集、整理與生物資訊學相關的資訊和資源。它的網站提供最近新聞；與生物科學相關的論文；與生物資訊學相關的資料程式庫，軟體，公司，大學和期刊；工具的介紹，例如：串列逆向查詢系統。
生物資訊學組織：http://bioinformatics.org/
生物資訊學組織是生物資訊學學科的綜合性網站。其涉及的內容有新聞、事件提醒、會議訊息、免費FTP工具下載、論文、URL建議、演示幻燈片等。此外，其還擁有有關生物資訊學研究組和軟體的搜索引擎。
香港生物資訊學中心：http://www.hkbic.bch.cuhk.edu.hk/
這是香港生物資訊學中心(HKBIC)的網站。香港生物資訊學中心是由香港技朮創新委員會和香港中文大學創辦，為香港生物技朮與工業界提供中心資料資源。它為使用者提供計算裝置，技朮專家意見和分子生物學定向資料程式庫等。主要致力於核苷酸、醫學、藥物設計、毒理學、生物技朮、化學工程、制藥技朮等方面的研究。該網站還提供了研究、工具、新聞等方面的。
耶魯大學蓋斯坦生物資訊學實驗室：http://bioinfo.mbb.yale.edu/
這是耶魯大學蓋斯坦生物資訊學實驗室的網站。耶魯大學蓋斯坦生物資訊學實驗室主要致力於生物資訊學的研究，其研究網域包括基因組串列，大分子架構和表達基因資料，比對基因組學，基因表達解析，大分子几何學等。該網站還提供研究、工作、演講、論文等方面的資訊。
用於比對基因組學的生物資訊學工具：http://pga.lbl.gov/Workshop/webTools.html
用於比對基因組學的生物資訊學工具是勞倫斯伯克利國家實驗室提供的用於比對基因組學的生物資訊學的軟體、資料程式庫和網址資源。其涵蓋五個大類分別是：基因組資料、註釋、比對基因組、陣列資源、雜集。并且，對每個類別其都有類別、名稱和說明、輔助說明及資訊等方面的說明。
中國生物資訊學資源導航：http://www.biosino.org/pages/source-bioinfo.htm
這是中國生物資訊學資源導航的網站。該網站主要提供與生物資訊學相關的學會、組織和生物計算中心的鏈結，也包含對閘道及網路資源的鏈結。
NCBI生物資訊學研究工具：http://www.ncbi.nih.gov/Tools/
NCBI生物資訊學研究工具網站由美國國家生物技朮資訊中心支援。該網站提供了許多程式的鏈結，內容包括資料挖掘、核酸和蛋白質組解析等。同時，網站還提供了許多相關鏈結和資源。
歐洲生物資訊學研究所：http://www.ebi.ac.uk/
歐洲生物資訊學研究所是一個非盈利學朮機搆，是歐洲分子生物學實驗室的一部分。它是生物資訊學研究和服務的中心。它所管理生物資料的資料程式庫包括核酸，蛋白質串列和大分子架構。它的使命是保證從分子生物學和基因組研究的日益增長的資訊向公眾公開，并且對科學研究團體提供任何方面的免費使用，以促進科學發展。
歐洲生物資訊學研究所Ensembl基因組瀏覽器：ttp://www.ebi.ac.uk/ensembl/index.html
歐洲生物資訊學研究所Thornton研究組：http://www.ebi.ac.uk/Thornton/index.html
歐洲生物資訊學研究所多串列聯配資料程式庫:
http://www.ebi.ac.uk/embl/Submission/alignment.html
歐洲生物資訊學研究所工具箱:http://www.ebi.ac.uk/Tools/
歐洲生物資訊學研究所核酸資料程式庫:http://www.ebi.ac.uk/Databases/nucleotide.html
歐洲生物資訊學研究所計算基因組研究組:http://www.ebi.ac.uk/research/CGG/index.html
歐洲生物資訊學研究所完整基因組資料程式庫:http://www.ebi.ac.uk/genomes/
歐洲生物資訊學研究所串列資料程式庫研究組:http://www.ebi.ac.uk/seqdb/index.htmlBrutlag生物資訊學研究組：http://motif.stanford.edu/
Brutlag生物資訊學研究組是斯坦福大學的一個研究團體，主要研究從蛋白質一級架構預測蛋白質架構和功能，其開發了EMOTIF、EMATRIX和3MOTIF軟體應用於非鑒定的基因組串列的功能確定，另外還開發了LOCK和3DSEARCH軟體用於比對蛋白質架構和蛋白質架構資料程式庫的搜索。
生物GBF資訊學小組首頁：http://transfac.gbf.de/
生物資訊學小組首頁是德國生物技朮研究中心的生物資訊組的首頁。其提供的資源十分丰富，包括出版物、研究計划、研究組介紹、五個重要資料程式庫、十二個工具軟體和資源鏈結等。
Pune大學生物資訊學中心：http://bioinfo.ernet.in/
Pune大學生物資訊學中心成立於1987年，是生物技朮系統的九大中心之一。提供生物工程網域的資訊,側重病毒學,蛋白質和核酸串列與架構。其提供的資源丰富，包括資料程式庫、微生物菌株資料網路系統、生物資訊學中心圖書館、Alpha伺服器的套裝軟體、生物資訊學的有用網址、EBI和PDB的資料程式庫鏡像等。
北京大學生物資訊學中心：http://www.cbi.pku.edu.cn/
北京大學生物資訊中心（CBI）成立於1997年，是歐洲分子生物學網路組織EMBnet的中國國家接點。几年來，已經與多個國家的生物資訊中心建立了合作關係。目前是國內資料程式庫種類最多，資料量最大的生物資訊網站。在基因預測、基因組、蛋白質架構等網域都有相應的研究項目。
加拿大生物資訊學資源：http://cbr-rbc.nrc-cnrc.gc.ca/index_e.php
這是加拿大生物資訊學資源(CBR)的網站。該網站由加拿大國家研究委員會(NRC)建立，旨在為國家研究委員會與其他政府、學朮部門的科學家提供廣泛使用的生物資訊學工具和共用資料。加拿大生物資訊學資源部分由一個專門使用該資源的委員會管理，而且其資源在用於教育和非盈利研究時只需註冊均可免費作用。網站還提供有關新聞、服務與下載等資訊。
架構生物資訊學公司：http://www.strubix.com/
架構生物資訊學公司是世界上占領導地位的、蛋白質組學推動的藥物發現的公司，他們大規模地產生和使用蛋白質架構資訊，以期加速發現和優化過程。它提供的軟體主要針對加速藥物發現和優化過程、提高篩選效率和降低成本、極大地重視知識產權的地位、提高藥物效能和增加技朮和市場成功的可能性。此外，還提供三個藥物資料程式庫。
林奈斯生物資訊學中心：http://www.lcb.uu.se/
這是林奈斯生物資訊學中心(LCB)的網站。林奈斯生物資訊學中心研究非常活躍，隸屬於瑞典Uppsala生物醫學中心。作為一個由Uppsala大學與瑞典農業大學的聯合研究機搆，確保了高品質的尖端的研究與教育，其研究範圍從微生物與哺乳動物基因組學經電腦的功能基因組學到分子進化。網站還提供有關入學、新聞時事、研討會、工具、學生計划等方面的資訊。
曼徹斯特大學生物資訊學教育與研究：http://www.bioinf.man.ac.uk/
曼徹斯特大學生物資訊學教育與研究是歐洲分子生物網路的節點之一，負責維護一些資料程式庫（如蛋白質模體指紋資料程式庫，PRINTS）。網站提供蛋白質同源性解析，蛋白質模體指紋解析，系統發生和串列進化解析，以及微陣列解析，并提供生物資訊學和PRINTS資料程式庫資料下載。
《生物資訊學》：http://www3.oup.co.uk/jnls/list/bioinformatics/etoc.html
生物資訊學》是由英國牛津大學出版社出版。其主要刊登生物資訊和計算生物學方面的研究論文、書評、綜述、讀者來信和述評等文章。其刊載的文章在兩年內供給學朮界免費使用。
生物資訊學：http://biotech.icmb.utexas.edu/pages/bioinfo.html
生物資訊學是印第安納大學分子和細胞生物學研究所提供的生物資訊學資源。此資源包括資料程式庫、基因發現程式、蛋白質模建、生物資訊學在線教程、研究基金的來源、研究項目和生物資訊學工具軟體等。
生物資訊學的網路資源：http://www1.cs.columbia.edu/~cleslie/cs4761/resources.html
生物資訊學的網路資源是美國哥倫比亞大學的Bill Noble教授建立的有關生物資訊學的網路資源總集。其涉及面廣，包括基因組學和生物資訊學中心、生物資訊學工具和基因組計划索引、DNA和蛋白質解析工具、生物資訊學課程首頁、生物資訊學和生物技朮的學朮項目、生物資訊學文獻參照，以及網上引物。
生物資訊學趨勢導向：http://www.ped.med.utah.edu/genpedscrr/Trends.htm生物資訊學趨勢導向主要提供《今天免疫學》雜志的增刊有關生物資訊學的內容。這些內容包括的資源十分丰富，涉及字檔格式資料程式庫，原理和實用資料程式庫搜索，計算生物學基因發現，多串列聯配和檢索，蛋白質分類和功能歸屬，系統進化解析和比對基因組學，功能基因組學等。
生物資訊學網：http://starr2.myetang.com/
這是生物資訊學的網站，主要是負責中國醫學科學院腫瘤醫院/腫瘤研究所生物資訊學研發及服務工作。該網站提供生物統計解析以SAS和R為主，并且設有其他數十種生物資訊學解析輔助軟體，如Blast, Phrap, Bioperl, EMBOSS, Hmmer, GO等等。另外也提供論壇，相關論文以及常用生物資訊學網址等。
生物資訊學小組：http://life.anu.edu.au/
生物資訊學小組成立於1997年，主要從事分子生物資訊學和生物多樣性資訊學的研究。其提供丰富的軟體資源，可免費下載使用。軟體種類涉及重組掃描、系統發生解析、聯配、重複片段的偵測和PCR引物設計等。此外，還有許多資料程式庫資源。
二、生物資訊學入門教材
國內主要教材有：
《生物資訊學概論》(英) T K Attwood , D J Parry-Smith 著 羅靜初 等譯
北京大學出版社 2002年4月第一版
本書從生物資訊學的研究物件、意義出發，介紹生物資訊學研究的基本方法和常用工具。主要介紹的是核酸和蛋白質串列的電腦解析方法，探討利用現有的電腦程式，從現有的資料程式庫中能夠抓取什么、無法夠抓取什麼。全書共分十章：1.概論，2.資訊網路，3.蛋白質資訊資源，4.基因組資訊資源，5. DNA串列解析，6.雙串列比對，7.多串列比對，8.二次資料程式庫搜索，9.資料程式庫搜索實例，10.串列解析套裝軟體。每章末尾均提供了進一步閱讀指南和有關的網址。這本書的一大特色在於丰富的例子和圖表，使讀者可以很直觀的了解和掌握書中的內容。此外，書的末尾還附有與生物資訊學相關的辭彙表。總的說來，這本書實用性強，可以作為高等院校生物資訊學教材，也可以作為生命科學和生物技朮各網域分子生物學研究和開發工作者的生物資訊學參照書。
《生物資訊學手冊》 郝柏林 張淑譽 編著
上海科學技術出版社 2000年10月第一版
一本手冊式的生物資訊學書籍。除了介紹了生物資訊學，還包括了電腦及電腦網路（這一部分提供了一些網址）和分子生物學的知識。更為重要的是，該書的主要部分?quot;生物資訊資料程式庫"和"服務、軟體和算法"部分，提供了大量的網址。 几乎是每一個項目下面都有不少網址。這本書將網路上的生物資訊學資源進行了索引式的介紹，并作了必要的說明。書中列舉了近千條網址和引文，基本涵蓋了生物學研究的各個方面，堪稱生物資訊的汪洋大海中的導航圖。對生物資訊學的服務、軟體和算法，本書也作了較全面的說明。本書可供廣大生命科學工作者以及由物理學、數學和電腦學轉入生命科學網域的研究教學人員參閱（上面可以查到很多網址）。
《生物資訊學》 趙國屏 等 編著
科學出版社 2002年4月 第一版
本書是"863"生物高科技叢書之一。它比對全面地介紹了生物資訊學的若干個主要分支，并特別介紹了與人類基因組研究相關的生物資訊學的一些較新成果；着重介紹了資料程式庫和資料程式庫的查詢、串列的同源比對及其在生物進化研究中的應用；以生物晶片中的生物資訊學問題為例，介紹與基因表達相關的生物資訊學問題；還介紹了蛋白質架構研究中的生物資訊學問題，以及與分子設計和藥物設計相關的生物資訊學技朮。本書可供生物資訊學專業和生命科學相關專業的本科生、研究生和教學科研人員閱讀學習，也可供相關專業的科技和應用機搆的科研、管理和決策人員參照。注意，本書有很大篇幅是講基因晶片和蛋白質架構預測的。
《生物資訊學--基因和蛋白質解析的實用指南》
"Bioinformatics--A Practical Guide to the Analysis of Genes and Proteins " Andreas D.Baxevanis B.F.Francis Ouellette 著
李衍達 孫之榮 等 譯
清華大學出版社 2000年8月 第一版
這本書由前衛計算生物學家撰寫，貫穿了已有的工具和資料程式庫，包括應用軟體、網際網路資源、向資料程式庫提交DNA串列以及進行串列解析和利用核酸串列與蛋白質串列進行預測的的方法。以下是該書的目錄：1.網際網路與生物學家，2. GeneBank串列資料程式庫，3.架構資料程式庫，4.應用GCG進行串列解析，5.生物資料程式庫的資訊檢索，6. NCBI資料模型，7.串列比對和資料程式庫搜索，8.多串列比對和實際應用，9.系統發育解析，10.利用核酸串列的預測方法，11.利用蛋白質串列的預測方法，12.鼠類和人類公用物理圖譜資料程式庫漫游，13. ACEDB: 基因組資訊資料程式庫，14.提交DNA串列資料程式庫。本書有很多實際的串列和串列解析的例子。這本書適合高等院校的師生和從事生物工程研究的科技工作者閱讀。
此外，浙江大學樊龍江老師《生物資訊學札記》手稿也是入門的很好教材 ，書目錄如下：
第一章 生物資訊學通論
第二章 分子資料程式庫
第三章 串列解析與比對
串列組成與聯配解析
資料程式庫搜索引擎——BLAST和FASTA應用
第四章 基因組測序與解析
第五章 分子進化
第六章 蛋白質架構與功能預測
這是生物資訊學和生物計算學的網站，由Weizmann科學研究所，生物服務部和克隆人類基因組學中心支援。研究網域主要涵蓋串列解析，蛋白質組學和基因組學等。該網站提供了資料程式庫，電子論壇，教育，新聞，軟體，招聘啟事等。該網站還提供了相關鏈結，包括歐洲分子生物學以色列國家網點，以色列國家基因組基礎設施實驗室以及國際生物資訊學合作中心。
生物資訊學專題：http://www.biosino.org/bioinformatics/bioinfo.htm
中國科學院上海生命科學研究院生物資訊中心的網站中的生物資訊學專題提供與生物資訊學有關的新聞資訊，生物資訊學文獻的介紹（包括的課題例如：認證腫瘤的亞型，細菌中的基因移轉，生物鐘與微陣列ㄧ哺乳動物的基因組有節奏，混亂的DNA區分人類與黑猩猩等等 ），相關軟體下載，與資料程式庫的鏈結。
生物資訊學專業網：http://bioinf.bmi.ac.cn/
生物資訊學專業網旨在收集、整理與生物資訊學相關的資訊和資源。它的網站提供最近新聞；與生物科學相關的論文；與生物資訊學相關的資料程式庫，軟體，公司，大學和期刊；工具的介紹，例如：串列逆向查詢系統。
生物資訊學組織：http://bioinformatics.org/
生物資訊學組織是生物資訊學學科的綜合性網站。其涉及的內容有新聞、事件提醒、會議訊息、免費FTP工具下載、論文、URL建議、演示幻燈片等。此外，其還擁有有關生物資訊學研究組和軟體的搜索引擎。
香港生物資訊學中心：http://www.hkbic.bch.cuhk.edu.hk/
這是香港生物資訊學中心(HKBIC)的網站。香港生物資訊學中心是由香港技朮創新委員會和香港中文大學創辦，為香港生物技朮與工業界提供中心資料資源。它為使用者提供計算裝置，技朮專家意見和分子生物學定向資料程式庫等。主要致力於核苷酸、醫學、藥物設計、毒理學、生物技朮、化學工程、制藥技朮等方面的研究。該網站還提供了研究、工具、新聞等方面的。
耶魯大學蓋斯坦生物資訊學實驗室：http://bioinfo.mbb.yale.edu/
這是耶魯大學蓋斯坦生物資訊學實驗室的網站。耶魯大學蓋斯坦生物資訊學實驗室主要致力於生物資訊學的研究，其研究網域包括基因組串列，大分子架構和表達基因資料，比對基因組學，基因表達解析，大分子几何學等。該網站還提供研究、工作、演講、論文等方面的資訊。
用於比對基因組學的生物資訊學工具：http://pga.lbl.gov/Workshop/webTools.html
用於比對基因組學的生物資訊學工具是勞倫斯伯克利國家實驗室提供的用於比對基因組學的生物資訊學的軟體、資料程式庫和網址資源。其涵蓋五個大類分別是：基因組資料、註釋、比對基因組、陣列資源、雜集。并且，對每個類別其都有類別、名稱和說明、輔助說明及資訊等方面的說明。
中國生物資訊學資源導航：http://www.biosino.org/pages/source-bioinfo.htm
這是中國生物資訊學資源導航的網站。該網站主要提供與生物資訊學相關的學會、組織和生物計算中心的鏈結，也包含對閘道及網路資源的鏈結。
NCBI生物資訊學研究工具網站由美國國家生物技朮資訊中心支援。該網站提供了許多程式的鏈結，內容包括資料挖掘、核酸和蛋白質組解析等。同時，網站還提供了許多相關鏈結和資源。
歐洲生物資訊學研究所：http://www.ebi.ac.uk/
歐洲生物資訊學研究所是一個非盈利學朮機搆，是歐洲分子生物學實驗室的一部分。它是生物資訊學研究和服務的中心。它所管理生物資料的資料程式庫包括核酸，蛋白質串列和大分子架構。它的使命是保證從分子生物學和基因組研究的日益增長的資訊向公眾公開，并且對科學研究團體提供任何方面的免費使用，以促進科學發展。
歐洲生物資訊學研究所Ensembl基因組瀏覽器：ttp://www.ebi.ac.uk/ensembl/index.html
歐洲生物資訊學研究所Thornton研究組：http://www.ebi.ac.uk/Thornton/index.html
歐洲生物資訊學研究所多串列聯配資料程式庫:
http://www.ebi.ac.uk/embl/Submission/alignment.html
歐洲生物資訊學研究所工具箱:http://www.ebi.ac.uk/Tools/
歐洲生物資訊學研究所核酸資料程式庫:http://www.ebi.ac.uk/Databases/nucleotide.html
歐洲生物資訊學研究所計算基因組研究組:http://www.ebi.ac.uk/research/CGG/index.html
歐洲生物資訊學研究所完整基因組資料程式庫:http://www.ebi.ac.uk/genomes/
歐洲生物資訊學研究所串列資料程式庫研究組:http://www.ebi.ac.uk/seqdb/index.htmlBrutlag生物資訊學研究組：http://motif.stanford.edu/
Brutlag生物資訊學研究組是斯坦福大學的一個研究團體，主要研究從蛋白質一級架構預測蛋白質架構和功能，其開發了EMOTIF、EMATRIX和3MOTIF軟體應用於非鑒定的基因組串列的功能確定，另外還開發了LOCK和3DSEARCH軟體用於比對蛋白質架構和蛋白質架構資料程式庫的搜索。
生物GBF資訊學小組首頁：http://transfac.gbf.de/
生物資訊學小組首頁是德國生物技朮研究中心的生物資訊組的首頁。其提供的資源十分丰富，包括出版物、研究計划、研究組介紹、五個重要資料程式庫、十二個工具軟體和資源鏈結等。
Pune大學生物資訊學中心：http://bioinfo.ernet.in/
Pune大學生物資訊學中心成立於1987年，是生物技朮系統的九大中心之一。提供生物工程網域的資訊,側重病毒學,蛋白質和核酸串列與架構。其提供的資源丰富，包括資料程式庫、微生物菌株資料網路系統、生物資訊學中心圖書館、Alpha伺服器的套裝軟體、生物資訊學的有用網址、EBI和PDB的資料程式庫鏡像等。
北京大學生物資訊學中心：http://www.cbi.pku.edu.cn/
北京大學生物資訊中心（CBI）成立於1997年，是歐洲分子生物學網路組織EMBnet的中國國家接點。几年來，已經與多個國家的生物資訊中心建立了合作關係。目前是國內資料程式庫種類最多，資料量最大的生物資訊網站。在基因預測、基因組、蛋白質架構等網域都有相應的研究項目。
加拿大生物資訊學資源：http://cbr-rbc.nrc-cnrc.gc.ca/index_e.php
這是加拿大生物資訊學資源(CBR)的網站。該網站由加拿大國家研究委員會(NRC)建立，旨在為國家研究委員會與其他政府、學朮部門的科學家提供廣泛使用的生物資訊學工具和共用資料。加拿大生物資訊學資源部分由一個專門使用該資源的委員會管理，而且其資源在用於教育和非盈利研究時只需註冊均可免費作用。網站還提供有關新聞、服務與下載等資訊。
架構生物資訊學公司：http://www.strubix.com/
架構生物資訊學公司是世界上占領導地位的、蛋白質組學推動的藥物發現的公司，他們大規模地產生和使用蛋白質架構資訊，以期加速發現和優化過程。它提供的軟體主要針對加速藥物發現和優化過程、提高篩選效率和降低成本、極大地重視知識產權的地位、提高藥物效能和增加技朮和市場成功的可能性。此外，還提供三個藥物資料程式庫。
林奈斯生物資訊學中心：http://www.lcb.uu.se/
這是林奈斯生物資訊學中心(LCB)的網站。林奈斯生物資訊學中心研究非常活躍，隸屬於瑞典Uppsala生物醫學中心。作為一個由Uppsala大學與瑞典農業大學的聯合研究機搆，確保了高品質的尖端的研究與教育，其研究範圍從微生物與哺乳動物基因組學經電腦的功能基因組學到分子進化。網站還提供有關入學、新聞時事、研討會、工具、學生計划等方面的資訊。
曼徹斯特大學生物資訊學教育與研究：http://www.bioinf.man.ac.uk/
曼徹斯特大學生物資訊學教育與研究是歐洲分子生物網路的節點之一，負責維護一些資料程式庫（如蛋白質模體指紋資料程式庫，PRINTS）。網站提供蛋白質同源性解析，蛋白質模體指紋解析，系統發生和串列進化解析，以及微陣列解析，并提供生物資訊學和PRINTS資料程式庫資料下載。
《生物資訊學》：http://www3.oup.co.uk/jnls/list/bioinformatics/etoc.html
生物資訊學》是由英國牛津大學出版社出版。其主要刊登生物資訊和計算生物學方面的研究論文、書評、綜述、讀者來信和述評等文章。其刊載的文章在兩年內供給學朮界免費使用。
生物資訊學：http://biotech.icmb.utexas.edu/pages/bioinfo.html
生物資訊學是印第安納大學分子和細胞生物學研究所提供的生物資訊學資源。此資源包括資料程式庫、基因發現程式、蛋白質模建、生物資訊學在線教程、研究基金的來源、研究項目和生物資訊學工具軟體等。
生物資訊學的網路資源：http://www1.cs.columbia.edu/~cleslie/cs4761/resources.html
生物資訊學的網路資源是美國哥倫比亞大學的Bill Noble教授建立的有關生物資訊學的網路資源總集。其涉及面廣，包括基因組學和生物資訊學中心、生物資訊學工具和基因組計划索引、DNA和蛋白質解析工具、生物資訊學課程首頁、生物資訊學和生物技朮的學朮項目、生物資訊學文獻參照，以及網上引物。
生物資訊學趨勢導向：http://www.ped.med.utah.edu/genpedscrr/Trends.htm生物資訊學趨勢導向主要提供《今天免疫學》雜志的增刊有關生物資訊學的內容。這些內容包括的資源十分丰富，涉及字檔格式資料程式庫，原理和實用資料程式庫搜索，計算生物學基因發現，多串列聯配和檢索，蛋白質分類和功能歸屬，系統進化解析和比對基因組學，功能基因組學等。
生物資訊學網：http://starr2.myetang.com/
這是生物資訊學的網站，主要是負責中國醫學科學院腫瘤醫院/腫瘤研究所生物資訊學研發及服務工作。該網站提供生物統計解析以SAS和R為主，并且設有其他數十種生物資訊學解析輔助軟體，如Blast, Phrap, Bioperl, EMBOSS, Hmmer, GO等等。另外也提供論壇，相關論文以及常用生物資訊學網址等。
生物資訊學小組：http://life.anu.edu.au/
生物資訊學小組成立於1997年，主要從事分子生物資訊學和生物多樣性資訊學的研究。其提供丰富的軟體資源，可免費下載使用。軟體種類涉及重組掃描、系統發生解析、聯配、重複片段的偵測和PCR引物設計等。此外，還有許多資料程式庫資源。
《生物資訊學概論》(英) T K Attwood , D J Parry-Smith 著 羅靜初 等譯
北京大學出版社 2002年4月第一版
本書從生物資訊學的研究物件、意義出發，介紹生物資訊學研究的基本方法和常用工具。主要介紹的是核酸和蛋白質串列的電腦解析方法，探討利用現有的電腦程式，從現有的資料程式庫中能夠抓取什么、無法夠抓取什麼。全書共分十章：1.概論，2.資訊網路，3.蛋白質資訊資源，4.基因組資訊資源，5. DNA串列解析，6.雙串列比對，7.多串列比對，8.二次資料程式庫搜索，9.資料程式庫搜索實例，10.串列解析套裝軟體。每章末尾均提供了進一步閱讀指南和有關的網址。這本書的一大特色在於丰富的例子和圖表，使讀者可以很直觀的了解和掌握書中的內容。此外，書的末尾還附有與生物資訊學相關的辭彙表。總的說來，這本書實用性強，可以作為高等院校生物資訊學教材，也可以作為生命科學和生物技朮各網域分子生物學研究和開發工作者的生物資訊學參照書。
《生物資訊學手冊》 郝柏林 張淑譽 編著
上海科學技術出版社 2000年10月第一版
一本手冊式的生物資訊學書籍。除了介紹了生物資訊學，還包括了電腦及電腦網路（這一部分提供了一些網址）和分子生物學的知識。更為重要的是，該書的主要部分?quot;生物資訊資料程式庫"和"服務、軟體和算法"部分，提供了大量的網址。 几乎是每一個項目下面都有不少網址。這本書將網路上的生物資訊學資源進行了索引式的介紹，并作了必要的說明。書中列舉了近千條網址和引文，基本涵蓋了生物學研究的各個方面，堪稱生物資訊的汪洋大海中的導航圖。對生物資訊學的服務、軟體和算法，本書也作了較全面的說明。本書可供廣大生命科學工作者以及由物理學、數學和電腦學轉入生命科學網域的研究教學人員參閱（上面可以查到很多網址）。
《生物資訊學》 趙國屏 等 編著
科學出版社 2002年4月 第一版
本書是"863"生物高科技叢書之一。它比對全面地介紹了生物資訊學的若干個主要分支，并特別介紹了與人類基因組研究相關的生物資訊學的一些較新成果；着重介紹了資料程式庫和資料程式庫的查詢、串列的同源比對及其在生物進化研究中的應用；以生物晶片中的生物資訊學問題為例，介紹與基因表達相關的生物資訊學問題；還介紹了蛋白質架構研究中的生物資訊學問題，以及與分子設計和藥物設計相關的生物資訊學技朮。本書可供生物資訊學專業和生命科學相關專業的本科生、研究生和教學科研人員閱讀學習，也可供相關專業的科技和應用機搆的科研、管理和決策人員參照。注意，本書有很大篇幅是講基因晶片和蛋白質架構預測的。
《生物資訊學--基因和蛋白質解析的實用指南》
"Bioinformatics--A Practical Guide to the Analysis of Genes and Proteins " Andreas D.Baxevanis B.F.Francis Ouellette 著
李衍達 孫之榮 等 譯
清華大學出版社 2000年8月 第一版
這本書由前衛計算生物學家撰寫，貫穿了已有的工具和資料程式庫，包括應用軟體、網際網路資源、向資料程式庫提交DNA串列以及進行串列解析和利用核酸串列與蛋白質串列進行預測的的方法。以下是該書的目錄：1.網際網路與生物學家，2. GeneBank串列資料程式庫，3.架構資料程式庫，4.應用GCG進行串列解析，5.生物資料程式庫的資訊檢索，6. NCBI資料模型，7.串列比對和資料程式庫搜索，8.多串列比對和實際應用，9.系統發育解析，10.利用核酸串列的預測方法，11.利用蛋白質串列的預測方法，12.鼠類和人類公用物理圖譜資料程式庫漫游，13. ACEDB: 基因組資訊資料程式庫，14.提交DNA串列資料程式庫。本書有很多實際的串列和串列解析的例子。這本書適合高等院校的師生和從事生物工程研究的科技工作者閱讀。
此外，浙江大學樊龍江老師《生物資訊學札記》手稿也是入門的很好教材 ，書目錄如下：
第一章 生物資訊學通論
第二章 分子資料程式庫
第三章 串列解析與比對
串列組成與聯配解析
資料程式庫搜索引擎——BLAST和FASTA應用
第四章 基因組測序與解析
第五章 分子進化
第六章 蛋白質架構與功能預測
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