RNA分析软件汇总

2016-07-18 生物软件网浙江省生物信息学学会
RNA draw 1.1 b2RNA draw 1.1b2 RNA二级结构分析软件。
RNAstructure 5.7Unix平台软件mfold的java版本。
RnaViz 2.0界面友好的RNA二级结构图绘制程序。可生成发表质量的二级结构图，可显示一些特殊结构。
loopDloop 2.07bJava语言写成的绘制RNA二级结构的软件，需要安装JAVA虚拟机。
Circles 0.1.1使用比较的方法分析RNA二级结构软件，并以标准格式输出预测的二级结构。
SStructView 1.2用JAVA脚本语言写成的RNA二级结构显示软件。
Vienna RNA Package 2.1.9维也纳大学RNA二级结构预测与比较软件包。
XRNA 1.2.0b基于java的生成、显示、注释RNA二级结构的软件，可很容易地编辑、修改、生成发表质量的RNA二级结构图。
PseudoViewer 3.0RNA二级结构显示软件。
OligoEngine 2.0RNAi设计软件。
pknotsRG 1.3预测RNA二级结构软件，包括pseudoknots（假扭结）结构。
RNAshapes 2.1.6分析RNA二级结构软件。
miRanda 201008查找基因组中潜在的RNA位点软件。软件运行需要安装JAVA运行环境。
RNAz 2.1预测结构保守热稳定RNA结构，可用于基因组中筛查功能RNA结构等等。
RnaFamilyjava编写的用于显示一个RNA分子族的所有二级结构小软件。
RNApasta 1.01Java语言所写的比对和结构注释RNA序列统计分析工具。
RnaDv 1_0RNA二级结构显示软件
Assemble2 1.2构建和研究RNA结构的图形软件
VARNA 3-93RNA二级结构显示插件
nocoRNAc 1.23非编码RNA鉴定软件
RnallViewer 1.0.1RNA分析显示软件
在线工具
siDirect 2.0siRNA在线设计软件。
tRNAscan-SE 1.21在基因组数据中寻找tRNA基因的在线工具。

留言

張貼留言

這個網誌中的熱門文章

如何自學生物資訊學

來源：知乎—如何自學生物資訊學 在生物資訊的坑裡面呆了好幾年，發現生物資訊的定義越來越模糊了，就像我剛入行的時候一個師兄對我說的那樣，中關村賣電腦的如果賣給學生物的了，就說自己是做生物資訊的。 同樣，我現在在寫一些軟體，設計一些算法，也說自己是做生物資訊的。 資訊系一些做體系結構和GPU編程的也會做一些生物資訊的硬件加速算法，他們也說自己是做生物資訊的，畢竟文章都發到了Bioinformatics雜誌上了。 如果你想學生物資訊中的算法設計，那恭喜你，加州大學聖地牙哥分校的一系列課程正合你的胃口，Coursera - Free Online Courses From Top Universities 。這些算法包括字符串算法，圖論算法，隨機化算法等等。 你的提問中發現你想學習如何處理數據。 這也是生物資訊的另一個教派，整合已經發表的軟體處理數據，也說自己是做生物資訊的，我想你可能想點這個技能點。有點複雜，因為生物有太多研究方向了，做基因的，做蛋白的，做進化的，做結構的，做發育的。每個分支又發表了很多軟體，而且很多不好用，好用的有些又過時了，沒過時的準確率也不見得有多高。 如果你能給我一個你的研究方向，我可以給你介紹一些很好用的軟體。 用軟體有幾個挺麻煩的問題，有些軟體安裝很麻煩，依賴程序庫很多，這個東西說實在的如果你沒有編譯背景有時候碰到了很難搞定，簡單的辦法就是直接給作者發郵件，一般作者想讓自己軟件的引用率高，所以發郵件都是秒回，如果作者博士畢業了，忽略此條。所以新的軟體，作者必回郵件。 用軟體另一個問題就是參數怎麼設置，這個其實挺麻煩的，因為有時候你要理解背後的算法，可是這個對於學生物的同學來說太難了，這個其實是軟體用戶體驗不好，軟體作者閉門造車。Bioinformatics上還有很多文章說參數怎麼選的，比如基因組拼接的時候，kmer的選取。 軟體使用講完了，有些格式轉化，pipeline的，可能一個軟體做不了，就要你寫點腳本來完成這些事情，如果你只是想完成這點東西，那麼學python就足夠了，一個簡明的python教程就是dive into python。網上免費。 先寫這麼多，有時間了再補充和整理。 ———————————————————————————— 加一個彩蛋，昨晚party和一個學數學的人聊天： 大神：做什麼...
閱讀完整內容

生物专业的软件介绍

生物专业的软件介绍 三维分子类             RASMOL 2.7.5 观看生物分子 3D 微观立体结构的软件。 RasTop 2.2 为 RasMol 的图形用户界面软件，免费，简化 RASMOL 的使用。 DS Visualizer 3.0 3 维分子浏览工具， 30 天试用版， 功能也十分强大。 ICM-Browser 3.7 2a 3 维分子浏览工具，并具有序列比对显示功能，免费推出。 ActiveICM 1.1.4 可在 Office 软件和浏览器中显示查看三维 ICM 分子图片文件软件。 VMD 1.9 用来显示生物分子的微观立体结构，更棒的功能是可以利用内建的功能，做出动画效果。 CN3D 4.1 See in 3D 的缩写。允许你在线作为客户端可视并交互地观察 NCBI Entrez 数据库的立体蛋白序列。 WPDB 2.2 美国国家计算机科学与工程学实验室开发的基于 Windows 的 PDB 文件查询与处理分析软件。 DTMM 4.2 Demo 是一个简单易用的 3 维分子模型显示、编辑与构建程序。 gopenmol 3.0 是一个显示并分析分子结构及其特性，计算分子轨道、电子势的软件包。 POV-Ray 3.7b38 是一个高质量、完全免费创造最棒三维图像的非常有名的工具。 MegaPov 1.2.1 r3  是 Pov-Ray 非官方编译版本，三维渲染效果更好。需要安装 Pov-Ray 。 Mol2Mol 5.6.2 Demo 主要用来进行各种分子文件的转换，支持 30 种主要分子格式，也可以用来进行 3 维分子的简单显示。 MolPOV 2.0.8 MolPOV 是 PDB 格式至 POV 格式转化工具。 PovChem...
閱讀完整內容

【轉貼】區塊鏈將加速醫學領域發展 預計五年內將被用於基因數據儲存

圖片
區塊鏈將加速醫學領域發展 預計五年內將被用於基因數據儲存 （原标题：分布式账本中的生命科学） 生物科学是医学领域涉及遗传研究，疾病预防和生活方式治疗（lifestyle treatments）的学科。它已经存在了很长时间，但区块链技术的基础设施应用给该学科提供了重大进步的可能性。 根据Pistoia Alliance进行的2016年6月份高级制药和生命科学领袖调查，83％的受访者表示，他们预计在五年内将全面采用区块链技术。 Pistoia Alliance是一个全球性的非营利组织，致力于降低生命科学研究与开发创新的障碍。该联盟旨在加强生命科学行业与其他互补部门利益相关者之间的合作，以支持区块链倡议和合作关系。 基因数据的隐私和安全 基因组学或一般的生命科学是研究处理敏感和个人的数据，安全和隐私一直是生物科学行业的主要关注点。Anthem数据泄露事件是数据安全和重要性的公开例子之一。 为了解决其隐私和安全威胁，利益相关方开始合作开展全行业的数据共享标准，以改善沟通，并确保患者能安心的与公司共享数据。预计这方面的努力将有利于研究人员和患者，不管是短期还是长期而言。 个人数据的存储和安全仍然是行业重点。这个重点在基因组学，测序和祖传史方面尤其重要。越来越多的寻求新的医疗发现和治疗方法，生命科学公司和临床研究机构正在寻求获取这些有价值的数据。事实上，在一个关键的发现中，Pistoia Alliance已经得出结论，基因组数据，可以说是世界上数据增长最快的数据，可以有效地存储在区块链上。 尽管区块链给了数据存储解决方案的巨大希望，但在生物科学行业广泛应用仍然存在许多障碍。在上述调查中，例如，尽管绝大多数受访者期望更广泛地采用区块链技术，但仍然存在疑虑。一些受访者表示，监管问题是扩大行业使用区块链解决方案（45％）的最大障碍，其次是数据隐私问题（26％）。许多行业领导者似乎认为，只有通过合作努力超越这些障碍并设法安全地存放和分享敏感数据，区块链的价值主张才能实现。 分布式账本技术的生命科学先驱 Genecoin正在创造一种革命性的服务，可通过比特币网络上传，备份个人DNA序列。 Encrypgen创建了一个基于区块链的解决方案，称为Gene-Chain，帮助实验室和医疗保健提供者从任何样品中存储和管理基因组...
閱讀完整內容