PCR相关软件汇总

2016-07-25 生物软件网浙江省生物信息学学会
NoePrimer 3.0独特的引物设计软件
Primer Premier 6.23 DEMO序列分析与引物设计，非常棒的一个软件。
Oligo 7.60 Demo引物设计分析著名软件，主要应用于核酸序列引物分析设计软件。
Primer D'Signer 1.1免费的引物设计辅助软件，专门用于pASK-IBA和pPR-IBA表达载体，简化引物设计工作。
Array Designer 4.43 DemoDNA微阵列（microarray）软件，批量设计DNA和寡核苷酸引物工具。
Beacon Designer 8.14 Demo实时荧光定量PCR分子信标(Molecular beacon )及TaqMan探针设计软件。 
NetPrimerJAVA语言写成的免费引物设计软件，用IE打开运行。
e-PCR 2.3.12电子克隆是一种电脑软件，用来识别DNA序列标签位点（STSs)。
FastPCR 6.5.55快速设计各种类型PCR引物，还包括一些常用的DNA与蛋白序列软件工具；
PerlPrimer 1.1.21一个免费的用来设计引物的开源软件。
AmplifX 1.7.0设计与管理引物的软件。
AutoDimer 1.0快速筛选二聚体引物软件。
ORFprimer 1.6.4.1JAVA语言设计的引物设计软件
Primer Prim'er 5.6.0Flash制作的PCR引物设计软件。
PCR Analyzer 1.02实时RT-PCR反应中估算初始扩增子浓度软件
PCRTiler 1.42Tiled和Specific PCR引物设计软件
PrimerFactoryQt 1.0.3引物查找和设计软件
在线工具
DNAWorks 3.0是一个帮助进行基因合成的设计寡核苷酸序列的免费程序。 程序仅需要输入一些简单的信息，比如，目标蛋白的氨基酸序列及合成核酸序列的温度。程序输出的为适合所选择生物表达的优化密码子的核酸序列。利用DNAWorks的帮助，用两步PCR法，可以成功合成长度达到3000碱基对的基因。原始网站。
Primer 3比较有名的在线引物设计程序。
Primo Pro 3.4在线PCR引物设计java系列软件。
SGD Web Primer在线引物设计软件。
AutoPrime快速设计真核表达实时定量PCR引物在线软件。

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來源：知乎—如何自學生物資訊學 在生物資訊的坑裡面呆了好幾年，發現生物資訊的定義越來越模糊了，就像我剛入行的時候一個師兄對我說的那樣，中關村賣電腦的如果賣給學生物的了，就說自己是做生物資訊的。 同樣，我現在在寫一些軟體，設計一些算法，也說自己是做生物資訊的。 資訊系一些做體系結構和GPU編程的也會做一些生物資訊的硬件加速算法，他們也說自己是做生物資訊的，畢竟文章都發到了Bioinformatics雜誌上了。 如果你想學生物資訊中的算法設計，那恭喜你，加州大學聖地牙哥分校的一系列課程正合你的胃口，Coursera - Free Online Courses From Top Universities 。這些算法包括字符串算法，圖論算法，隨機化算法等等。 你的提問中發現你想學習如何處理數據。 這也是生物資訊的另一個教派，整合已經發表的軟體處理數據，也說自己是做生物資訊的，我想你可能想點這個技能點。有點複雜，因為生物有太多研究方向了，做基因的，做蛋白的，做進化的，做結構的，做發育的。每個分支又發表了很多軟體，而且很多不好用，好用的有些又過時了，沒過時的準確率也不見得有多高。 如果你能給我一個你的研究方向，我可以給你介紹一些很好用的軟體。 用軟體有幾個挺麻煩的問題，有些軟體安裝很麻煩，依賴程序庫很多，這個東西說實在的如果你沒有編譯背景有時候碰到了很難搞定，簡單的辦法就是直接給作者發郵件，一般作者想讓自己軟件的引用率高，所以發郵件都是秒回，如果作者博士畢業了，忽略此條。所以新的軟體，作者必回郵件。 用軟體另一個問題就是參數怎麼設置，這個其實挺麻煩的，因為有時候你要理解背後的算法，可是這個對於學生物的同學來說太難了，這個其實是軟體用戶體驗不好，軟體作者閉門造車。Bioinformatics上還有很多文章說參數怎麼選的，比如基因組拼接的時候，kmer的選取。 軟體使用講完了，有些格式轉化，pipeline的，可能一個軟體做不了，就要你寫點腳本來完成這些事情，如果你只是想完成這點東西，那麼學python就足夠了，一個簡明的python教程就是dive into python。網上免費。 先寫這麼多，有時間了再補充和整理。 ———————————————————————————— 加一個彩蛋，昨晚party和一個學數學的人聊天： 大神：做什麼...
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